1.进水分布到EDI模块中各室；在直流电作用下各种离子向相应电极迁移；
2.与混床一样，水中的各种离子被离子交换树脂所交换，然后被交换的离子通过各自相应的离子交换膜迁移到浓水中。淡水室中的水流出模块（只有离子可通过离子交换膜，而水不能通过）而成纯水。
3.循环的浓水需少部分排放，由进水补充。此部分排放浓水可返回到前级RO装置重复使用；
4.水分子在电压作用下被电离为氢离子和氢氧根离子，通过各自相应的离子交换膜迁移到树脂层，连续再生树脂。
超纯水经常用于微电子工业、半导体工业、发电工业、制药行业和实验室。EDI纯水也可以作为制药蒸馏水、食物和饮料生产用水、发电厂的锅炉补给水，以及其它用途的超纯水。